Este Sistema é um dos instrumentos das políticas de dinamização económica. Com o principal objectivo de aumentar a produtividade, especialização e consequente competitividade entre empresas, o sistema destina-se a projectos de empreendedorismo qualificado (inovação no tecido empresarial) e a projectos de produção e expansão de novos bens e serviços (inovação no tecido empresarial através da criação de novos bens, serviços e processos de integração para os mesmos).

Existem três Sistemas de Incentivos:

1) SI I&DT – Sistema de Incentivos à Investigação e Desenvolvimento Tecnológico nas Empresas. Este tem como objectivo a criação de novos conhecimentos com o fim de aumentar a competitividade reforçando o I&DT nacional. Actua através da articulação entre as empresas e as entidades que constituem o Sistema Científico e Tecnológico (SCT).

2) SI Inovação – Sistema de Incentivos à Inovação. Apoia a produção de novos bens, serviços e processos que levem à inovação do tecido empresarial e estimulem o empreendedorismo qualificado e o investimento em áreas em crescimento.

3) SI Qualificação PME – Sistema de Incentivos à Qualificação e Internacionalização de PME. Visa promover a competitividade das Pequenas e Médias Empresas apoiando o aumento da produtividade, flexibilidade e a actividade das mesmas no mercado global.