A Cooperação Territorial Europeia é parte integrante do QREN, visando potenciar as possibilidades consagradas nos regulamentos estruturais comunitários, que a definem como um instrumento de intervenção chave para a prossecução dos objectivos da política de coesão e para o processo de integração europeia.
A Cooperação Territorial Europeia destina-se a reforçar, em articulação com as prioridades estratégicas da União, as intervenções conjuntas dos Estados-Membros em acções de desenvolvimento territorial integrado.
Os vários territórios considerados para as vertentes de cooperação transfronteiriça e transnacional são constituídos, respectivamente, por sub-espaços transfronteiriços e macro-regiões, que beneficiarão, através da cooperação de carácter material ou imaterial, de um aumento da integração e da coesão económica e social em domínios de importância estratégica.
A vertente de cooperação interregional destina-se, por seu turno, a promover sinergias entre os principais actores regionais, nacionais e comunitários da política de coesão, de forma a capitalizar as boas práticas na gestão das intervenções estruturais na Europa e, assim, incrementar a sua eficácia para a concretização das Agendas de Lisboa e Gotemburgo.
Em prossecução dos princípios orientadores, que concorrem para um aumento da eficácia e visibilidade das intervenções concretizadas, foi atribuída prioridade e subsequentemente concretizado o objectivo de melhorar e tornar mais significativa a participação e o envolvimento de Portugal na gestão dos PO de Cooperação Territorial Europeia em que participa.
Destaca-se, neste contexto, o acolhimento em Portugal de todas as estruturas de governação do PO Espaço Atlântico 2007-2013, através da eleição da Comissão de Coordenação e Desenvolvimento Regional do Norte como Autoridade de Coordenação Global desse Programa, do Instituto Financeiro para o Desenvolvimento Regional como Autoridade de Certificação e da Inspecção-Geral de Finanças como Autoridade de Auditoria; salienta-se, igualmente, a escolha da cidade do Porto para a localização do Secretariado Técnico Conjunto de apoio às tarefas de gestão e acompanhamento do PO.